En noviembre de 2010, la Corporación Nacional Forestal (Conaf) varió drásticamente su postura previa sobre la posibilidad de inundar parte del Parque Nacional Laguna San Rafael (hasta ese momento en la evaluación su pronunciamiento había sido establecer la ilegalidad de tal posibilidad). El documento lo firmó el nuevo director, Juan Eduardo Barrientos, pero públicamente se conoció un informe del equipo técnico evaluador completamente distinto al que se subió finalmente al sistema.
En el último informe del Ministerio de Vivienda, en el que se da la conformidad al estudio, el evaluador técnico, Fernando Miranda, elaboró un oficio señalando la inconformidad del servicio. Pero el seremi de Vivienda, Nicolás Terrazas junto al funcionario Rodrigo Solís (quien reemplazaba al primero en la evaluación de HidroAysén por tener conflictos de interés) elaboraron un segundo informe de conformidad.
Una denuncia similar hizo el evaluador Gustavo Saldivia, del Ministerio de Planificación. Su informe también fue crítico y establecía insuficiencias en las respuestas de la empresa, pero luego de enviarlo a su jefa directa, la seremi Geoconda Navarrete, éste fue modificado dando la conformidad al estudio
En el Servicio Nacional de Geología y Minería ocurrió algo similar, según publicó Ciper Chile. La funcionaria Francisca Falcón lideró el proceso de evaluación en el organismo y las observaciones que hicieron los funcionarios al tercer adenda no fueron consideradas en el pronunciamiento que el director zonal Héctor Contreras subió al sistema de evaluación. En sus pronunciamientos los evaluadores determinaron serios riesgos para las comunidades, ya que el EIA de HidroAysén no se hacía cargo de los impactos geológicos y de remoción de masas, incluso con riesgo de tsunamis. Los funcionarios presentaron una denuncia ante la Contraloría para establecer quién cambió los informes. Hoy el equipo está suspendido para hacer nuevas evaluaciones.
En cuanto a la DGA, según explica el abogado de Patagonia Sin Represas Marcelo Castillo, se adulteró el informe final ya que “sistemáticamente se dijo que faltaba información y en el informe del 24 de abril aprobó el proyecto con observaciones sin que hubiera ningún cambio en el estudio ni en la legislación.
