Durante su presidencia en el diario, ocurrieron varios escándalos que lo pusieron en la mira luego de que periodistas renunciados y editores despedidos acusaran la censura de varios temas marginados de la cobertura del medio.
Un informe del Instituto Libertad, publicado el 29 de junio de 2007, dio a conocer los conflictos que tuvo que enfrentar el recién designado subsecretario de Interior, Mahmud Aleuy, cuando fue nombrado presidente del diario La Nación, recientemente vendido en $320 millones a Macarena Duarte, representante de Novoa y Compañía Limitada, una empresa de asesorías financieras. El informe fue publicado por el sitio Poderopedia.
El informe cita el incidente ocurrido en enero de 2001, cuando se despidió al director del diario electrónico Primera Línea de La Nación, el periodista Juan Pablo Cárdenas. «Los motivos esgrimidos fueron ‘pérdida de confianza del directorio’ (…). En carta dirigida a la opinión pública, el periodista señaló que el presidente del directorio Francisco Aleuy, y el entonces Ministro Secretario General de Gobierno, Claudio Huepe, ‘me expresaron personal y telefónicamente, que la voluntad del Gobierno que hiciera cesación de mis funciones, en la ocasión ambas personas me representaron la molestia de La Moneda por algunos contenidos publicados en Primera Línea, a ambos interlocutores les expresé mi negativa a hacer efectiva mi renuncia, toda vez que los contenidos aludidos eran expresión de hechos e interpretaciones que tenían base en nuestras indagaciones periodísticas y en derecho que nos asiste como chilenos y profesionales a hacer uso de la libertad de expresión’ «.
Posteriormente, el 25 de mayo de 2003, un grupo de periodistas de La Nación presentan su renuncia debido a la censura por parte de Aleuy a un reportaje que consignaba la existencia de irregularidades en el Instituto de Desarrollo Agropecuario (Indap). El informe consigna que el hecho «motivó la renuncia en pleno del equipo de periodistas de investigación de la edición dominical de La Nación, encabezados por los periodistas Julio César Rodríguez –editor de la edición dominical-, Mirko Macari –subeditor- y Alejandra Matus». Asimismo, figura citado el entonces director general del diario, Alberto Luengo, quien confirmó que la censura del artículo había sido motivada por «presiones políticas que se canalizaron a través del Directorio».
En agosto de 2004, Luengo es despedido. El motivo, dado a conocer en una declaración pública del propio Aleuy, tiene que ver con que «en opinión del accionista mayoritario (el gobierno), el punto esencial tomado en consideración dice relación con el hecho de tratar, editorialmente, temas que actualmente se encuentran en conocimiento de investigación por parte de los tribunales de justicia. Esto, inevitablemente permite a algunos identificar la postura del gobierno con la del diario haciendo suponer que aquél se inmiscuye en materias en las que expresamente, ha declarado su prescindencia». A continuación se citan temas como el caso Spiniak, las opiniones del abogado de Gemita Bueno, la reunión del abogado de la UDI Gabriel Zaliasnik con el juez Calvo, «y en general todos aquellos temas que representen una discrepancia con lo expresado por los medios de Copesa S.A. y El Mercurio», señala el documento. Asimismo, a Luengo se le criticó no haber abordado temas como «la competencia de Rojo, el conflicto que Canal 13 mantiene con su principal animador del Festival de Viña, la nueva pareja de Iván Zamorano, etc.».
