El ex agente de la DINA fue asesinado en enero de 1992 a manos de militares. El máximo tribunal del país condenó al entonces director Adjunto de la DINE, Víctor Lizarrága Arias, y al jefe del Batallón de Inteligencia del Ejército, Manuel Provis Carrasco, a 5 y 4 años de presidio, respectivamente, por su autoría en el crimen. Ambos recibieron el beneficio de la libertad vigilada.
La Corte Suprema dictó sentencia en la investigación por el homicidio calificado del coronel del Ejército Gerardo Huber Olivares, ocurrido a fines de enero de 1992, en la zona del Cajón del Maipo, Región Metropolitana.
En fallo dividido, los ministros de la Segunda Sala Jaime Rodríguez, Rubén Ballesteros, Hugo Dolmestch, Carlos Künsemüller y Juan Escobar (suplente), condenaron al entonces director Adjunto de la DINE, Víctor Lizarrága Arias, y al jefe del Batallón de Inteligencia del Ejército, Manuel Provis Carrasco, a 5 y 4 años de presidio, respectivamente, por su autoría en el crimen. Ambos recibieron el beneficio de la libertad vigilada.
Asimismo, desestimó los cargos por asociación ilícita en contra de los condenados, además de Carlos Krumm Rojas y Julio Muñoz Bustamante, por considerar que no se encuentra acreditado dicho delito.
En el ámbito civil, se acogió la demanda en contra del Fisco y los condenados Lizárraga y Provis, determinándose que deben pagar una indemnización solidaria de $300 millones a la viuda de la víctima, Adriana Polloni, y los hijos del matrimonio.
La indemnización se dividen en: $150 millones para Adriana Polloni, y $50 millones para cada uno de los hijos: Astrid, Alex y Jorge Huber Polloni.
Cabe recordar que el coronel Gerardo Huber Olivares estuvo a cargo de comprar armas para el Ejército de Chile, tras ser ascendido en marzo de 1991 a la Dirección del Ejército de Logística.
De acuerdo a su viuda, el se reunió con Pinochet en mayo de 1991 para informarle de varias irregularidades que se cometían en la Logística del Ejército. La viuda afirma que la reacción de Pinochet fue enviarlo al Hospital Militar para que fuese visto por un psiquiatra. Además la nieta del Coronel Huber, Loreto Tapia, estaba casada con Hernán García Pinochet, un nieto de Pinochet.
En abril de 1991 llegan a Chile de dos personajes: el ex espía inglés Sydney Edwards y el nazi croata Vladimir Secen. Ambos jugaban distintos roles para un mismo fin: armar a los croatas contra los serbios. Secen será vinculado por la prensa argentina con los servicios de Inteligencia militar en Chile. En los primeros meses de 1992, Monzer Al-Kassar, que también traficaba armas a Croacia, viajó en dos oportunidades a Chile.
Ives Marziale, representante de Ivi Finance & Management Incorporated, una firma dirigida por el alemán Gunter Leinthauser, arribó a Chile en octubre de 1991, con el encargo de comprar armas de segunda mano del Ejército de Chile para vendérselas a los croatas, el cual estaba preparando la defensa de Bosnia antes de la ofensiva serbia para conquistar Sarajevo, Croacia recién había declarado su independencia de Yugoslavia en junio de 1991, pero accedió a congelar los preparativos, mientras las Naciones Unidas deliberaban el asunto.
El 19 de noviembre de 1991, Marziale cerró el trato con la empresa militar chilena FAMAE (Fábricas y Maestranzas del Ejército, o Fábricas y Arsenales del Ejército de Chile), la firma militar a cargo de la producción de armas, por un valor de más de US$ 6 millones, y 370 tons de armas (incluyendo fusiles SIG SG 550, Misil Tierra-Aire Blowpipe, misiles antitanque Mamba, cohetes, granades, morteros, y grandes cantidades de municion 7.62mm). Famae, dirigida por el General Guillermo Letelier Skinner, uno de los asociados más cercanos al General Pinochet era nominalmente independiente del Ejército.
El General Carlos Krumm, a cargo de la Logística del Ejército chileno, requirió al Coronel Huber para pusiera a disposición del General Guillermo Letelier, Director de Famae, al empleado civil Ramón Pérez Orellana, quien trabajaba en la sección de importaciones-exportaciones de la Logística del Ejército, y que era experto en problemas limítrofes.
El tráfico ilegal de armas fue descubierto en diciembre de 1991, cuando el carguero que llevaba las armas, etiquetada como «ayuda humanitaria» desde el Hospital Militar de Santiago, fue descubierta en Budapest. El 7 de diciembre de 1991, un periódico húngaro descubre la noticia, y el 2 de enero de 1992, el Brigadier-General Guillermo Letelier, director de Famae, fue forzado a renunciar. Dos días después, por requerimiento del Ministro de Defensa Patricio Rojas, la Corte Suprema de Chile nominó al Magistrado Hernán Correa de la Cerda como responsable para investigar el tráfico de armas. El magistrado llama a Gerardo Huber como testigo, el cual declara que seguía órdenes del General Krumm, a cargo de Logística. El 29 de enero de 1992, Huber, quien estaba descansando en San Alfonso, Cajón del Maipo, en casa de su amigo Elwin Tapia Permaneció allí hasta el 29 de enero de 1992, no sin antes quemar una serie de documentos que comprometían al alto mando institucional de la época. Tras lo cual «desapareció». Su cuerpo fue encontrado el 20 de febrero de 1992, con el cráneo despedazado.