Universidad chilena participa en iniciativa internacional para la simulación de sistemas biológicos

Un investigador chileno, del extremo norte del país, está participando en una relevante iniciativa internacional desarrollada por un equipo de científicos de los Países Bajos en la que colaboran exclusivamente planteles europeos. Con la incorporación del bioquímico y Doctor en Química, Raúl Mera, académico de la U. de Tarapacá, esta casa de estudios se transformó en la única universidad sudamericana en ser parte de Martini 3, un método para la simulación de sistemas moleculares de alta complejidad.

Este se trata de un hito más que se suma a la amplia trayectoria que destaca a esta universidad estatal en estar en los niveles más altos de la frontera del conocimiento, en este caso participando en un esfuerzo internacional de gran relevancia para el estudio de sistemas biológicos, a través de un sofisticado sistema computacional.

Martini 3 fue desarrollado por un equipo liderado por Siewert-Jan Marrink y Paulo Souza y el núcleo de los investigadores liderados por los profesores Marrink y Souza, que consiste de nueve personas, casi todos parte del grupo original en Paises Bajos ().

Adicionalmente, hay un grupo de contribuyentes que se reconocen como parte del esfuerzo para adaptar Martini 3 a cada vez más sistemas, ahí es donde participan exclusivamente universidades europeas, con la excepción de la Universidad de Tarapacá, única sudamericana y chilena.

Mera detalla que fue incluído principalmente por sus contribuciones a la simulación automática de moléculas pequeñas y detalló que también ha participado en el esfuerzo para mejorar la simulación de proteínas, investigaciones que han sido publicadas en revistas científicas tan relevantes como Nature Communications.

“Básicamente, al ser incluido en esa lista, se me reconoce una colaboración fructífera de larga data con los desarrolladores principales de Martini 3: P. Souza y SJ Marrink. Asimismo representa la inclusión de nuestra Institución en un esfuerzo internacional de gran relevancia para el estudio de sistemas biológicos como membranas, proteínas, incluso células completas, y nanotecnológicos”, detalló.

El bioquímico explicó que “Martini 3 es una forma de simular el comportamiento de moléculas en forma simplificada, lo que permite simular moléculas más grandes que otros métodos, o simular su comportamiento por más tiempo. La iniciativa Martini involucra trabajo en todo lo relacionado con el método: Herramientas para usarlo, mejoras al método mismo, etcétera”.

Este modelo logra precisión y velocidad en la simulación computacional y gracias a esta herramienta se logra estudiar procesos que permiten entender cómo funcionan las proteínas, lo que permite proyectar el diseño de nuevos medicamentos, por ejemplo comprender mejor algunas enfermedades, el estudio de virus, mecanismos de infección, e incluso el desarrollo de materiales biomédicos, por lo que esta investigación permite llegar a diversas conclusiones de alto impacto para la ciencia sin tener que hacer experimentos demasiado sofisticados, simplificando los procesos.

En lo específico, Mera ha colaborado en el desarrollo de  un programa llamado Bartender, que sirve para convertir moléculas ‘normales’ en la forma simplificada de Martini automáticamente. “Automatiza una parte de ese proceso, pero es la parte que más tiempo consume. Estamos trabajando en el resto del proceso para ampliar la funcionalidad del programa”, indicó el investigador.

Asimismo añadió que “también estamos trabajando en adiciones a Martini para mejorar la simulación de proteínas, que son pequeñas maquinitas que usa la célula para casi todas sus tareas”.

Publicación en Nature

En 2025 el profesor Mera participó en un artículo “GōMartini 3: From large conformational changes in proteins to environmental bias corrections” en la prestigiosa revista científica Nature , un hito relevante tanto para el investigador como para la UTA. 

En tal sentido el director de Investigación de la Universidad de Tarapacá, Ignacio Jessop, planteó que “desde la mirada institucional esta publicación da cuenta de la excelencia científica y la relevancia global que tiene la investigación que se desarrolló con la participación de un académico del Departamento de Química”.

Asimismo, destacó la incorporación de Mera y de la Universidad en esta colaboración internacional como es Martini 3: “Este logro es el reflejo del compromiso institucional con una investigación de alto nivel, colaborativa e interdisciplinaria y eso es propiciado porque tenemos un ecosistema de investigación sólido que nos permite conectar capital humano, infraestructura, las redes internacionales y una gestión de la i+d+i orientada a la calidad y al impacto del conocimiento”.

Finalmente afirmó que “como universidad estatal aportamos al desarrollo de ciencia de frontera que contribuye al avance del conocimiento internacional y del país y nos permite como institución estar posicionados dentro de la discusión científica internacional”.