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Universidades aceleran plan de secuenciación de virus SARS-CoV-2 para detectar variantes presentes en Chile

por 13 julio, 2021

Universidades aceleran plan de secuenciación de virus SARS-CoV-2 para detectar variantes presentes en Chile
A través de la red científica impulsada por el Ministerio de Ciencia, laboratorios universitarios pusieron en marcha esta semana el trabajo para la detección y análisis de las variantes, fortaleciendo e incrementando la capacidad de vigilancia genómica actual del país. Gracias al aporte de privados, como el de la minera Anglo American, se adquirieron los reactivos necesarios para la secuenciación del Coronavirus y para procesar las primeras muestras como complemento al trabajo del ISP.
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Preocupación está despertando en el mundo la circulación de variantes del coronavirus. Actualmente la variante delta, detectada por primera vez en India, ya está presente en más de 90 países y según la OMS, será pronto la dominante a nivel global por su alta transmisibilidad,

Como ya está presente en Chile, las autoridades han buscado fortalecer la vigilancia genómica del virus, con el fin de aumentar la pesquisa y análisis tanto de variantes existentes como de nuevas que puedan surgir.

En este contexto, el Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación articuló una red de universidades desde Antofagasta a Punta Arenas para aumentar la capacidad nacional para secuenciar el SARS-CoV-2. 

Actualmente, este trabajo es realizado por el Instituto de Salud Pública (ISP) que procesa cerca de 200 muestras semanales, cifra que podría llegar a duplicarse con la colaboración de estos laboratorios de distintas regiones del país.  

“Una vez más las universidades ponen a disposición del país su talento y capacidades para enfrentar la pandemia. Esta red articulada, que cuenta con el compromiso de equipos científicos y apoyo del sector privado con USD$500 mil, nos permite acelerar y complementar el trabajo del ISP, potenciando el seguimiento de variantes y desconcentrando el análisis en distintas regiones del país”, sostuvo el ministro de Ciencia, Andrés Couve.

Aportes privados

El trabajo del primer grupo de seis universidades con capacidad inmediata para secuenciar se verá fortalecido con el aporte de empresas privadas que permitieron la adquisición de insumos y reactivos necesarios para realizar el análisis de muestras.

Una de las iniciativas es liderada por la Universidad del Desarrollo (UDD) junto a la Universidad Andrés Bello (UNAB) y la Universidad Austral, quienes recibieron aportes de Anglo American para la compra de los insumos. El aporte de la empresa minera consistió en la entrega de kits para secuenciar (a través de la tecnología Illumina) que permite procesar entre 3 mil y 4 mil muestras, las que serán divididas equitativamente entre las tres universidades. 

Gracias a esta colaboración, los equipos científicos ya comenzaron a montar las técnicas de secuenciación y enviarán muestras preliminares al ISP para su validación. Durante los próximos días, las instituciones estarán en condiciones de comenzar a analizar secuencias del Coronavirus de acuerdo a los criterios y protocolos que define el Ministerio de Salud. 

“Desde el inicio de la pandemia hemos estado bien a la vanguardia en todo lo que es la implementación de medidas preventivas y medidas de diagnóstico del Covid-19 para proteger a nuestros trabajadores y a sus familias, que es lo primordial, pero también para poder mantener la continuidad de nuestras operaciones. La industria minera es una de las pocas que no ha parado en todo este tiempo, y eso ha sido a costa de poder estar siempre un paso adelante en las cosas que se han ido haciendo”, explicó José Ignacio Méndez, gerente de Salud de Anglo American.

“El año pasado hicimos una alianza con la Universidad del Desarrollo para poder implementar un laboratorio para hacer exámenes de PCR, tanto para nuestros trabajadores como para sus familias y para las comunidades donde estamos y, de esa forma, muchos laboratorios universitarios en alianzas públicas y privadas lograron ampliar la capacidad de hacer PCR”, agregó.

Esa alianza de trabajo con universidades permitió importar insumos con capacidad de poder hacer 4 mil exámenes genéticos más.

Proceso de secuenciación

En una primera etapa preliminar, las secuencias de 10 muestras virales se enviarán al ISP para su validación, quien certifica la buena calidad de la técnica empleada y permitiría a las instituciones comenzar a secuenciar de manera sostenida y sistemática.

Según explicó Gonzalo Encina, investigador del Instituto de Ciencias e Innovación en Medicina (ICIM) de la UDD, a cargo de estas gestiones, el proceso comienza con la recepción de muestras de casos positivos de COVID-19. Posteriormente, se realiza la extracción del ARN del virus y se comienza con la preparación de lo que se conoce como ‘librerías de secuenciación’. “Este es un proceso crítico para el éxito de la secuenciación y requiere de insumos específicos que permiten convertir el ARN del virus a ADN y agregarle marcas específicas al ADN viral de cada paciente para diferenciar las secuencias de cada virus, ya que los instrumentos de secuenciación permiten procesar 48 muestras simultáneamente. Con 48 muestras se asegura la buena calidad de las secuencias”. 

En este sentido, añadió que “las PCR nos dicen si hay virus o no. Lo que hacemos con la secuenciación es ‘un zoom’ a la muestra y leer cada letra del genoma viral, lo que permite identificar todas las variantes, las ya conocidas y también cualquier otra variante nueva que pueda aparecer”.

Para Encina es fundamental contar con la tecnología para la secuenciación genómica del Coronavirus, “pues esto no solo permite detectar variantes que estén circulando o hayan ingresado a nuestro país, sino que también descubrir nuevas variantes que puedan ir surgiendo”, aseguró.

En tanto, Cecilia Vial, investigadora UDD y parte del equipo encargado de realizar secuenciación en los laboratorios del ICIM, se refirió a la importancia de la relación entre las empresas y las universidades, pues “si bien contamos con la expertise y el equipamiento, se trata de insumos y tecnologías complejas y caras, por lo que este aporte privado es un acelerador para poder entrenar al personal y poner a punto la técnica, de manera de poder certificarse ante el ISP y estar listos para entregar resultados de calidad apenas se firmen los convenios para participar de la Red de Vigilancia Genómica impulsada por el MINSAL que dará continuidad a la iniciativa”. 

“De esta forma, el aporte de estas empresas va a aumentar rápidamente la capacidad de secuenciación, permitiendo tener más información de los coronavirus circulantes en el país, lo cual es importantísimo en este punto de la pandemia en que vemos el surgimiento de nuevas variantes”, agregó.

Para José Ignacio Méndez, gerente de Salud de Anglo American, se sabe que “hay distintas variantes de este virus, de los cuales hay cuatro de interés o de preocupación, que son aquellas que las mutaciones han hecho que el virus sea más contagioso o más agresivo, o que las vacunas existentes no sean efectivas, o que se contagien más personas y que los tratamientos que tenemos pierdan más fuerza o que nos cueste más diagnosticarlo”.

Por eso es fundamental la identificación de los tipos de variantes que hasta ahora solo hacía el Instituto de Salud Pública. “Es un proceso lento, caro y que además requiere personal humano muy entrenado. Y el Ministerio de Salud a través del ISP está haciendo más o menos 200 exámenes para identificar variantes a la semana. Si tenemos en un día 3 mil casos positivos, y buscamos la variante, solamente en treinta significa que estamos haciendo la identificación genética solo en un 1 % de los casos, y lo que recomendó la OMS es que sea al menos en el 5, idealmente en el 10 %. Entonces este plan, específicamente, busca que los equipos de las universidades y su personal capacitado pueda recibir muestras de distintas partes de Chile, y hacer que esta capacidad de identificación de variantes a nivel país crezca de una forma rápida, y pueda ser un insumo para las autoridades para poder ir tomando decisiones”, explicó Méndez.

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