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Consorcio científico crea repositorio nacional de secuencias genómicas del virus SARS-CoV-2

por 2 junio, 2020

Consorcio científico crea repositorio nacional de secuencias genómicas del virus SARS-CoV-2
La iniciativa liderada por destacados investigadores y centros de excelencia, reúne la mayor cantidad y diversidad de secuencias del virus desde todas las regiones de Chile. Este programa de vigilancia genómica de la pandemia, permitirá conocer la evolución del virus a medida que se transmite en la población y sus posibles mutaciones.
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 El Consorcio Genomas CoV2 (CGC), coordinado bajo tutela del Ministerio de Ciencia y conformado por investigadores e investigadoras de diversas universidades chilenas que trabajan en genómica y bioinformática, desarrolló una plataforma informática para el procesamiento y almacenaje de las secuencias obtenidas del virus SARS-COV-2 en distintas regiones del país.

Este consorcio científico nacional, reúne los esfuerzos de diversos grupos de investigación en genómica viral para generar una base de datos nacional de secuencias del virus. Miguel Allende, miembro del equipo y Director del Centro de Regulación del Genoma del Programa FONDAP, explica la importancia de contar con estos datos: “Con la información de la secuencia genómica del virus que infecta a una persona, tendremos una herramienta de trazabilidad, que permite conocer el curso de la transmisión infecciosa en el tiempo y el espacio”.

Una vez secuenciados los genomas, la información es procesada por ingenieros bioinformáticos en el Centro Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC), donde se almacenan las secuencias para ponerlas a disposición de toda la comunidad científica. Desde la web del Consorcio (www.cov2.cl) se pueden visualizar las características generales de los genomas virales y las relaciones filogenéticas (de parentesco) entre las distintas variantes encontradas.

Desafío para las ciencias biomédicas

El Ministro de Ciencia, Andrés Couve valoró la iniciativa destacando el alto nivel de los centros, universidades e investigadores involucrados: “Se trata de poner las mejores capacidades científicas con que cuenta Chile al servicio de esta crisis. Estamos frente a un escenario de gran incertidumbre. Sin embargo, como nunca antes la investigación científica aceleró nuestro aprendizaje de la epidemia. Por ejemplo, los avances en genómica de las últimas décadas nos permitieron conocer la composición genética completa de este virus a solo semanas del brote en Wuhan. La iniciativa de un consorcio en Chile es señal de que formamos parte de este esfuerzo internacional y que a través de los más altos estándares continuaremos comprendiendo el virus como parte de la estrategia para enfrentar de mejor manera la pandemia”.

Según explican los investigadores a cargo de la iniciativa, la pandemia de Covid-19 constituye un desafío inédito para la ciencia biomédica. Para enfrentarlo, cualquier aproximación preventiva, de diagnóstico o terapéutica de este patógeno deberá considerar como un insumo indispensable un certero conocimiento de la estructura del virus cuya secuencia de RNA de 30,000 nucleótidos puede sufrir mutaciones.

Las mutaciones, que en su gran mayoría no cambian las características del virus, generan variaciones en la secuencia del RNA viral y nos permiten establecer relaciones de parentesco o cercanía y distinguir el origen y trayectoria de un virus. Es así como sabemos que a Chile ingresaron variantes provenientes directamente de oriente (China) y otras que pasaron previamente por Europa.

Hasta ahora, ha habido un gran esfuerzo internacional para dar seguimiento al patrón de variación del genoma viral a medida que se dispersa en la población mundial. A la fecha se han detectado 5.615 variaciones en los más de 16.000 genomas secuenciados a nivel planetario.

En Chile, se han secuenciado genomas virales en diversos centros de investigación y en el Instituto de Salud Pública.

¿Porqué es importante conocer la secuencia genómica de las distintas variantes del virus SARS-CoV-2 que hay en Chile?

  • La primera razón, es poder mantener una permanente vigilancia respecto de las variantes que circulan en Chile y conocer la evolución del virus a medida que se transmite en la población. Es importante tener una herramienta de trazabilidad del virus y así poder comprender las características de su transmisión entre personas.
  • Segundo, es posible que algunas variantes del virus, que hayan sufrido mutaciones en su material genético, cambien las características o el comportamiento del virus. Pese a ser improbable que se generen mutaciones que cambien la capacidad infecciosa o la transmisibilidad del virus, es importante también, descartarlo.
  • Tercero, es posible que algunas variaciones en la secuencia del RNA viral, afecten nuestra capacidad de detectar su presencia con los sistemas de diagnóstico vigentes (PCR) o en desarrollo (test de anticuerpos). Es importante que nos demos cuenta a tiempo si surgen variaciones en el genoma viral que puedan hacer menos efectivos estos tests. En el mismo sentido, el diseño de herramientas de tratamiento, como anticuerpos y vacunas, depende de diseñar esas herramientas considerando las secuencias virales prevalentes en nuestra población.

En la página web del Consorcio (www.cov2.cl) es posible conocer los centros científicos de excelencia, las instituciones universitarias y los demás organismos participantes.

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