La cinta, basada en la novela del 2012 del escritor estadounidense Ransom Riggs, narra la historia de una misteriosa isla a la que llega un joven de 16 años llamado Jacob Portman, allí encontrará a Miss Peregrine, quien tiene un refugio habitado por un grupo de niños huérfanos, muy especiales y mágicos, a quienes deberá ayudar a proteger de unas criaturas que atentan contra sus vidas.